Modèle de mutation

La probabilité d`une transition de l`allèle i au j dans les générations t, avec un taux de mutation μ à κ, est donnée par pi, j (λ), où λ = μT. Notez que pour les grandes valeurs de λ, pi, j (λ) est approximativement égal à πj, la distribution stationnaire. Les grandes valeurs du modèle λ sont des données fortement saturées obtenues à partir d`une paire d`espèces fortement divergées dont les distributions de longueur répétée sont approximativement indépendantes l`une de l`autre et près de la stationnarité. Par conséquent, l`étendue de la saturation dans les données observées est reflétée par l`amplitude de l`estimation de λ. La structure des différents sous-modèles dans le modèle général est décrite par l`arbre dans la figure 2. La dernière colonne montre quelques-uns des modèles courants dans la littérature qui sont étroitement liés à certains de ces sous-modèles. Les paramètres de modèle qui sont fixés pour un ensemble de sous-modèles sont écrits au-dessus des branches qui les mènent. Le modèle à une phase non biaisée à taux égal (EU1) est une version tronquée du SMM d`Ohta et de Kimura (1973). Le modèle à une phase (CE1) à taux constant, à polarisation constante, incarne un biais constant vers l`expansion du processus de mutation en limitant α (u, 0, i) = u pour tout allèle i. Observez que u ne varie pas avec la longueur d`allèle dans le modèle de CE1, comme v, le paramètre de polarisation linéaire, est réglé à 0. La libération de v permet un biais mutationnel linéaire tel qu`il est incarné par le modèle à une phase (Eli) à taux d`égalité, à polarisation linéaire, avec un biais mutationnel vers la longueur focale f, semblable en esprit au schéma de mutation introduit par Garza et coll. (1995). Notez que l`Eli est relié à la version la plus simple du modèle de PLBias de Calabrese et Durrett (2003).

L`égalité de taux, les modèles monophasés, EU1, CE1 et Eli, ont une valeur de 0, ce qui rend le taux de mutation égal à tous les allèles (β (i, s) = μ), contrairement à leurs cousins à taux proportionnel, à une phase, PU1, et à P1, respectivement, qui permettent de prendre des valeurs en (− 1/(Ω − κ + 1) , ∞). Le modèle PU1 est relié à PSM, un modèle de glissement proportionnel sans mutations ponctuelles proposée par Calabrese et coll. (2001). Le modèle est semblable aux modèles proposés par Walsh (1987) et tachida et Iizuka (1992). La raison pour laquelle je pense que c`est important, dans le contexte de la mutation, c`est qu`un événement de mutation peut déplacer des entrées d`une colonne à une autre (si un allèle Mute à anthères allèle existant) ou ajouter des colonnes supplémentaires à la matrice (si la mutation produit un allèle qui a été pas précédemment dans les données). La dimensionnalité des données, pour un locus et à travers les loci, est simplement le nombre d`allèles d`assortissant indépendamment dans le système. La mutation en tant que processus peut ajouter des dimensions supplémentaires (par exemple, des degrés de liberté dans un sens statistique) aux données elles-mêmes.